《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，欧洲人类正式开始进出宇宙2世纪，欧洲但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查，发现是由人类未知的技术制造的物体，这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果，表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此，人型机动兵器：Personal Trooper的研究开始了。
艾敬
回复 :加奈（丰崎爱生 配音）打小父母双亡，如今，就连一直以来相依为命的祖母都离她而去，面对这个陌生和凶险的社会，小小的加奈该何去何从？在误打误撞之中，无家可归的加奈住进一家名为“风新”的报纸销售点，在那里，她将以打工的方式来支付她的房租。在报社中，加奈遇见了许多善良开朗的朋友们，年纪小本领大的小学生代理社长天野咲妃（水原薰 配音）让加奈很是崇拜。再加上活泼淘气的同行北冈梦（广桥凉 配音）和外表御姐内心却有些天然呆的南有纪（远藤绫 配音），以及竞争对手“华日新闻专卖所”的送报娘久地院美华（钉宫理惠 配音），加奈的生活一下子就变得精彩起来。
薄荷叶
回复 :国江田计（阿部敦 配音）是拥有着极高人气的国民级主播，他拥有英俊的外表和温柔的个性，总是以无懈可击的完美形象出现在大众面前。可实际上，国江田计拥有一颗非常腹黑的内心，他从来都瞧不上那些拜倒在自己脚下的粉丝们，认为他们都是没有脑子的愚民。一天，身着便服邋邋遢遢的国江田计不小心撞到了正在骑自行车的男子，之后才发现原来这个人正是自己从前采访过的动画作者都筑潮（川原庆久 配音），幸运的是，都筑潮并没有认出国江田计的身份。因为受伤，都筑潮无法完成工作，协助他的任务自然落到了始作俑者国江田计的头上。
化学兄弟
回复 :故事的主角是一只名叫白牙（尼克·奥弗曼 Nick Offerman 配音）的狼，它自幼生长在弱肉强食的世界之中，早已经习惯了其中的尔虞我诈。长大之后，母亲将白牙带回了主人身边——一位善良强壮的印第安人，就这样，白牙有了一份拉雪橇的工作，日子在平静中一天一天的过去了。然而，拮据的经济让主人不得不将白牙卖给了一个名为史密斯的男人，史密斯满肚子坏水，丝毫没有仁爱之心，只想着怎样榨取利益，在史密斯的调教之下，白牙成为了一匹斗狼，用自己的鲜血为史密斯换取金钱。幸运的是，白牙很快就遇见了自己的新主人斯科特，斯科特用爱和关怀渐渐治愈了白牙受伤的心灵。
