《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，欧洲人类正式开始进出宇宙2世纪，欧洲但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。地球连邦政府经过调查，发现是由人类未知的技术制造的物体，这种地球以外的技术被称为EOT(Extra over technology)。地球连邦政府组成了“EOT特别审议会”和“EOTI机关”进行调查。然后EOTI机关的代表比安博士发表了研究结果，表示地球有被宇宙以外的生命体侵略的危机。从此，人型机动兵器：Personal Trooper的研究开始了。
艾敬
回复 :奇力男谢洛（森久保祥太郎 配音）自幼失去了双亲，沦为孤儿，在孤儿院过着孤苦伶仃的生活。期间，他结识了名为阿丽莎（筱原惠美 配音）的女孩，两人相依为命，共同来到牙之塔学习黑魔法。实际上，奇力男谢洛一直默默的爱慕着阿丽莎，可是，在阿丽莎的眼中，奇力男谢洛仅仅是一个需要她照顾的弟弟一般的存在。阿丽莎喜欢的，是她的老师查尔德曼（中田让治 配音），然而，查尔德曼却拒绝了阿丽莎的表白。伤心之中，阿丽莎开始沉迷于对力量的追求，并且最终遭到了反噬，变成了可怖的怪兽。为了让阿丽莎恢复原来的养子，奇力男谢洛化名欧菲，踏上了漫长的旅途。
薄荷叶
回复 :故事讲述的是一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。但当超梦醒来后，却因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大出现在超梦的面前，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事，但没过多少时间，超梦再次对自我感到迷茫。超梦回到那个复制它的岛屿，决定开始它的复仇之战。
化学兄弟
回复 :在人们与风共度的城镇·风罗市，每年都会举行一次“风祭”。在祭典的最后一天，传说中的宝可梦·洛奇亚会出现，并带来恩惠之风——在这样的古老传说仍然流传之际，聚集在城镇的人们怀抱各自的心绪前去参加祭典……。宝可梦的新手女高中生，莉莎。停不下说谎的吹牛男人，卡加奇。对自己没有自信的软弱研究家，托利托。厌恶宝可梦的古怪婆婆，翡翠。独自一人伫立于森林中的神秘少女，拉尔戈。小智、皮卡丘与他们相遇，驱动起大家的故事——。
